2019年10月3日 / 最終更新日時 : 2019年10月3日 roy29fuku 論文解析 新着論文フィードツール Meta マーク・ザッカーバーグからメールが届きました。 というのはだいぶ盛った表現ですが、氏と奥様が設立した合同会社であるChan Zuckerberg Initiativeから新サービスのお知らせが届きました。 どうやら生 […]
2019年10月2日 / 最終更新日時 : 2019年10月2日 roy29fuku 論文解析 ClinicalTrials.gov API 世界最大の臨床試験データベースのClinicalTrials.govのAPI利用法についてまとめました。 ClinicalTrials.govとは わかりやすい説明があったので引用します。 ClinicalTrials. […]
2019年9月25日 / 最終更新日時 : 2020年9月13日 roy29fuku 論文解析 MeSH MeSHとは Medical Subject Headingsの略。PubMedやMEDLINEなどNIHが管理する生命医学文書を表現する語彙をコントロールするために作られたシソーラスです。MeSH Vocabulary […]
2019年9月15日 / 最終更新日時 : 2020年7月13日 roy29fuku 論文解析 Biopythonを使ってPMCから論文取得 おさらい PubMed: 生命医学文書のインデックス PMC: 生命医学文書フルテキストのアーカイブ ClinicalTrials.gov: 臨床試験のデータベース PubMedにはMeSH termやPublicati […]
2019年8月3日 / 最終更新日時 : 2019年8月3日 roy29fuku 論文解析 賢い論文検索Semantic Scholar AI2が開発・公開している論文検索サービスのSemantic Scholarの何が優れているのかをまとめました。 課題 研究者にとって論文検索ツールは重要です。多くの方がGoogle Scholarを使ったことがあるでし […]
2019年7月16日 / 最終更新日時 : 2019年7月16日 roy29fuku 論文解析 SageMaker Ground Truthのカスタムラベリング機能 最良のテキストアノテーションサーバについて考えていました。SageMaker Ground Truthなら自由度・効率性の点で優れているとオススメされたので試してみました。躓きどころをまとめました。 Lambdaを用いた […]
2019年6月7日 / 最終更新日時 : 2020年1月7日 roy29fuku 論文解析 ScispaCyでsentence split 論文記事のsentence split問題 一番どシンプルにsentence splitを行うなら、ピリオド（日本語なら句点）で区切ることだ 問題 しかし論文ではこんな感じで、’i.p.’を文末と […]
2019年6月7日 / 最終更新日時 : 2019年6月7日 roy29fuku 論文解析 gitでアノテーション管理 論文解析をズーーーっとやってます。 どんな種類のタグをつけるのか、どこまでの粒度でつけるのか、 ルールを作っては壊し、直しては白紙に戻し、 最近ようやく方向性が決まりました 解決したい苦痛 論文の実験条件のまとめ、比較は […]
2019年6月2日 / 最終更新日時 : 2019年6月2日 roy29fuku 論文解析 マウスの系統表現③系統リスト 前回の正規表現による抽出では、情報抽出段階では問題ないが検索段階に難あり 階層構造がある 例えばC57BLの下にはいくつかの亜系統が存在する C57BLで検索した場合、それ以下の亜系統でタグ付けされたものも引っ張って来る […]
