2019年6月7日 / 最終更新日時 : 2019年6月7日 roy29fuku 論文解析 gitでアノテーション管理 論文解析をズーーーっとやってます。 どんな種類のタグをつけるのか、どこまでの粒度でつけるのか、 ルールを作っては壊し、直しては白紙に戻し、 最近ようやく方向性が決まりました 解決したい苦痛 論文の実験条件のまとめ、比較は […]
2019年6月2日 / 最終更新日時 : 2019年6月2日 roy29fuku 論文解析 マウスの系統表現③系統リスト 前回の正規表現による抽出では、情報抽出段階では問題ないが検索段階に難あり 階層構造がある 例えばC57BLの下にはいくつかの亜系統が存在する C57BLで検索した場合、それ以下の亜系統でタグ付けされたものも引っ張って来る […]
2019年5月9日 / 最終更新日時 : 2019年5月9日 roy29fuku 自然言語処理 Automated Knowledge Base Construction AKBCは知識ベースの自動構築をテーマにした国際会議です。10年ほどワークショップが開かれていましたが、2019年に初めて単独のconferenceになりました。 どういった観点で知識ベースへの関心が高まっているか、ワー […]
2019年4月1日 / 最終更新日時 : 2019年6月9日 roy29fuku 自然言語処理 NLP state of the artをお手軽に使えるflair A very simple framework for state-of-the-art NLP. zalandoresearch/flair Github NLPのsotaを超簡単に実装できるフレームワークflairを […]
2019年3月19日 / 最終更新日時 : 2019年3月19日 roy29fuku 自然言語処理 Amazon Comprehend Medicalを使ってみた Amazon Comprehendは構造化されていない自然言語から人物名や地名、そしてそれらの関係性を抽出するサービスです。 Amazon Comprehend Medicalはこれを医療情報に特化させたものです。薬剤名 […]
2019年3月18日 / 最終更新日時 : 2019年3月18日 roy29fuku 論文解析 BioCreative Evaluation library使い方 BioCreativeの出力を自動で評価するツールが配布されています。正しい出力形式の確認にも使えるので活用しましょう。 BioCreative IV Track2 CHEMDNER CEMのみで確認しました。 当環境は […]
2019年2月10日 / 最終更新日時 : 2019年2月11日 roy29fuku 自然言語処理 Annotating All Knowledge hypothes.isというサイトについて解説します。 Hypothesisとは Annotate the web, with anyone, anywhere. https://web.hypothes.is/ Hyp […]
2018年12月22日 / 最終更新日時 : 2019年8月1日 roy29fuku 自然言語処理 bratサーバをEC2に立てて複数人でアノテーションできるようにした アノテーション作業の効率化のため、bratサーバを立てることにしました。 EC2上にdockerを使って構築しました。 これでウェブ経由で複数人でアノテーションを行えます。 Dockerfile解説 さてbratサーバの […]
2018年11月7日 / 最終更新日時 : 2018年11月7日 roy29fuku 自然言語処理 NER評価方法 precision, recall, f1-scoreの定義について悩んだのまとめました。 割とバラエティに富んだ評価手法がありました。 前提 precision, recall, f1-scoreについて […]
2018年10月30日 / 最終更新日時 : 2018年10月30日 roy29fuku 論文解析 マウスの系統表現② 正規表現で系統を検索 正規表現でマウスの系統表現を検索。予想通りC57BL/6、BABL/cが多かったです。 ただし、一筋縄でいかない点もあり。。。 前回まで マウスの系統の命名規則について調べました。 特別な遺伝的変異や交配を […]
