2019年4月1日 / 最終更新日時 : 2019年6月9日 roy29fuku 自然言語処理 NLP state of the artをお手軽に使えるflair A very simple framework for state-of-the-art NLP. zalandoresearch/flair Github NLPのsotaを超簡単に実装できるフレームワークflairを […]
2019年3月19日 / 最終更新日時 : 2019年3月19日 roy29fuku 自然言語処理 Amazon Comprehend Medicalを使ってみた Amazon Comprehendは構造化されていない自然言語から人物名や地名、そしてそれらの関係性を抽出するサービスです。 Amazon Comprehend Medicalはこれを医療情報に特化させたものです。薬剤名 […]
2019年3月18日 / 最終更新日時 : 2019年3月18日 roy29fuku 論文解析 BioCreative Evaluation library使い方 BioCreativeの出力を自動で評価するツールが配布されています。正しい出力形式の確認にも使えるので活用しましょう。 BioCreative IV Track2 CHEMDNER CEMのみで確認しました。 当環境は […]
2019年2月15日 / 最終更新日時 : 2019年2月15日 roy29fuku TIPS 文献管理アプリの移行で吐きそうになった件 文献管理アプリとしてオススメされたPapers 3をフリートライアルで使っていました。無料期間終了後に課金したのですが、何かとややこしかったので覚え書き兼恨み辛み。 Papers 3とは 文献管理アプリです。 いくつか特 […]
2019年2月10日 / 最終更新日時 : 2019年2月11日 roy29fuku 自然言語処理 Annotating All Knowledge hypothes.isというサイトについて解説します。 Hypothesisとは Annotate the web, with anyone, anywhere. https://web.hypothes.is/ Hyp […]
2018年12月22日 / 最終更新日時 : 2019年8月1日 roy29fuku 自然言語処理 bratサーバをEC2に立てて複数人でアノテーションできるようにした アノテーション作業の効率化のため、bratサーバを立てることにしました。 EC2上にdockerを使って構築しました。 これでウェブ経由で複数人でアノテーションを行えます。 Dockerfile解説 さてbratサーバの […]
2018年11月7日 / 最終更新日時 : 2018年11月7日 roy29fuku 自然言語処理 NER評価方法 precision, recall, f1-scoreの定義について悩んだのまとめました。 割とバラエティに富んだ評価手法がありました。 前提 precision, recall, f1-scoreについて […]
2018年10月30日 / 最終更新日時 : 2018年10月30日 roy29fuku 論文解析 マウスの系統表現② 正規表現で系統を検索 正規表現でマウスの系統表現を検索。予想通りC57BL/6、BABL/cが多かったです。 ただし、一筋縄でいかない点もあり。。。 前回まで マウスの系統の命名規則について調べました。 特別な遺伝的変異や交配を […]
2018年10月27日 / 最終更新日時 : 2018年10月30日 roy29fuku 論文解析 マウスの系統表現① 近交系、亜系統、ラボコード 論文から動物実験の情報抽出を行なっています。今回は実験動物に関する記述の抽出に挑戦します。 もっともメジャーなマウスの系統についてまとめました。 動物実験 個人の所感ですが、がんや免疫系の論文をザーッと漁っ […]
2018年10月19日 / 最終更新日時 : 2018年10月19日 roy29fuku 論文解析 PubMed分析 PubMedの論文タグを集計して、疾病ごとの論文数推移を見ました。 家畜伝染病・代謝疾患・内分泌系疾患などが伸びていました。 PubMedとは 一言で言えば生命科学論文の検索エンジンです。 少 […]
