2019年8月14日 / 最終更新日時 : 2019年8月16日 roy29fuku 自然言語処理 Text Analysis Conferenceまとめ NLP系Shared taskで医薬品の名称や関係を抽出するデータセットが公開されていたのでチェックしてみました。 Text Analysis Conferenceとは Text Analysis Conference […]
2019年8月3日 / 最終更新日時 : 2019年8月3日 roy29fuku 論文解析 賢い論文検索Semantic Scholar AI2が開発・公開している論文検索サービスのSemantic Scholarの何が優れているのかをまとめました。 課題 研究者にとって論文検索ツールは重要です。多くの方がGoogle Scholarを使ったことがあるでし […]
2019年4月1日 / 最終更新日時 : 2019年6月9日 roy29fuku 自然言語処理 NLP state of the artをお手軽に使えるflair A very simple framework for state-of-the-art NLP. zalandoresearch/flair Github NLPのsotaを超簡単に実装できるフレームワークflairを […]
2019年3月19日 / 最終更新日時 : 2019年3月19日 roy29fuku 自然言語処理 Amazon Comprehend Medicalを使ってみた Amazon Comprehendは構造化されていない自然言語から人物名や地名、そしてそれらの関係性を抽出するサービスです。 Amazon Comprehend Medicalはこれを医療情報に特化させたものです。薬剤名 […]
2019年3月18日 / 最終更新日時 : 2019年3月18日 roy29fuku 論文解析 BioCreative Evaluation library使い方 BioCreativeの出力を自動で評価するツールが配布されています。正しい出力形式の確認にも使えるので活用しましょう。 BioCreative IV Track2 CHEMDNER CEMのみで確認しました。 当環境は […]
2018年11月7日 / 最終更新日時 : 2018年11月7日 roy29fuku 自然言語処理 NER評価方法 precision, recall, f1-scoreの定義について悩んだのまとめました。 割とバラエティに富んだ評価手法がありました。 前提 precision, recall, f1-scoreについて […]
2018年10月30日 / 最終更新日時 : 2018年10月30日 roy29fuku 論文解析 マウスの系統表現② 正規表現で系統を検索 正規表現でマウスの系統表現を検索。予想通りC57BL/6、BABL/cが多かったです。 ただし、一筋縄でいかない点もあり。。。 前回まで マウスの系統の命名規則について調べました。 特別な遺伝的変異や交配を […]
2018年10月18日 / 最終更新日時 : 2018年10月30日 roy29fuku 論文解析 がんのin vivo論文アノテーション②アノテーションルール EXACT2などを参考に独自のルールでがんの論文をアノテーションします。 前回まで Nature CommunicationとScientific Reportsからがんに関連する論文100本を取得。 うち […]
2018年10月16日 / 最終更新日時 : 2019年4月21日 roy29fuku 自然言語処理 Brat前準備：データと各種設定 Bratのデータ用意と設定ファイルの書き方などをまとめました。 環境構築 前回macOSにBratをインストールしました。 環境などは以下を参照してください。 macOSでBratを使う テキストファイル、アノテーション […]
2018年10月16日 / 最終更新日時 : 2018年10月30日 roy29fuku 論文解析 がんのin vivo論文アノテーション①固有な語彙 がんのin vivo論文をアノテーションします。 今回は対象となる論文*とそれ以外を選り分けました。 *対象論文：動物実験（特にがん細胞の移植、骨髄移植）を含む論文 本記事では便宜的に上記の対象論文、対象条 […]
